Entre os diversos parceiros nacionais da Fundação, estão a Universidade Federal da Bahia (UFBA) e a Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública (EBMSP). Há o apoio, também, a pesquisadores e projetos do Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR) e da Fiocruz. No cenário internacional, além do programa de mestrado em Saúde Pública na JHU, a FME apoia programas de estágio clínico e pesquisa científica em conceituadas universidades americanas como Harvard e Pennsylvania State University, além de parceria com a Fundação Merieux (França).

Por meio dessas parcerias estratégicas e apoios direcionados, a Fundação Maria Emília busca ampliar seu impacto nas áreas de saúde e educação, apoiando instituições e projetos que promovem avanços científicos, desenvolvimento social e acesso a oportunidades educacionais, melhorando a qualidade de vida e contribuindo para a sociedade.